Le projet du musée est lancé en 1999.
En 2001: il est l'objet d'un concours international, remporté par Coop Himmelb(I).
En 2003 premiers permis de construire, et premier retard les promoteurs découvrent un peu tard que le site est instable, inondable et trop près de l'autoroute A7, 6 millions d'euros supplémentaires et premiers retard.
En octobre 2006 : L'entreprise Bec Frère filiale du groupe Fayat démarre les travaux, très vite un désaccord survient entre Bec Frère, l'architecte et la société d'équipement du Rhône le chantier est arrêté 7 mois en 2007.
En 2008: l'entreprise Bec Frère jette l'éponge.
En 2009: Un appel d'offre est lancer qui ne récolte aucune offre, à la fin de l'appel un nouvel appel est lancé qui récolte 18 réponses, c'est la société Vinci qui l'emporte.
En 2010 les travaux reprennent.
En 2014: le musée est inauguré avec l'absence remarquée du président de la République, du Premier ministre ou du ministre de la culture.


Le coût de l'ouvrage a dépassé de 500% l'estimation qui était de 61 millions d'euros au final il aura coûté environ 330 millions d'euros.


Quelques chiffres:
longueur 190 m, largeur 90 m, pour une hauteur de 41 m.
Superficie: 22 000 mètres carrés.
6600 tonnes d'acier.
650000 pièces.
350000 boulons.
la pièce la plus lourde 33 tonnes.