Au XIVe : la construction du cloître
Au XIVe, de nombreuses guerres opposant les Rois de France aux Ducs d'Aquitaine semèrent le trouble dans la région. Le couvent fut notamment entièrement pillé en 1337 lors d’affrontements entre seigneurs de Guyenne et comtes d’Eu et de Guines. Vivant dans le risque permanent d'une nouvelle attaque, les Cordeliers firent la demande de s'installer à l'intérieur des murailles de Saint-Émilion. On les y autorisa en 1338, année où ils commencèrent l'édification de la chapelle intra-muros. En 1343, le pape leur accorda le droit d'implanter leur couvent en ville. Le cloître et une partie du couvent furent alors bâtis. Par la suite, Les Cordeliers entreprirent la transformation de la chapelle en église, actuellement visible. Aujourd'hui, le reste des bâtiments antérieurs est prisonnier des murs. En 1383, le roi d'Angleterre céda définitivement aux moines une parcelle constructible, juste à l'aplomb de leur ancien emplacement, mais du bon côté de la muraille cette fois