De 1567 à la Révolution
À cette époque les guerres de religion mirent fin à tout espoir de terminer un jour la façade de la cathédrale (et la tour sud). En 1567 les protestants, conduits par les capitaines Louis de Blosset, Jean de La Borde et François Marraffin, mirent la ville à sac. L'édifice eut à en souffrir si bien qu'en 1576, l'évêque Jacques Amyot (1571-1593) fit entreprendre la restauration de la cathédrale, dont celle des verrières du chœur6.

Ainsi la construction, demeurée inachevée, s'est étendue sur plus de trois siècles ; la tour sud ne fut jamais construite.