San Michele est devenu cimetière véritablement en 1837 quand a été comblé le canal qui séparait les deux îlots de San Michele et de San Cristoforo della Pace afin d'agrandir le cimetière qui depuis 1807 sur ordre de Napoléon Bonaparte1 était situé sur ce dernier. Napoléon confie le projet à l’architecte Gian Antonio Selva, auteur de la Fenice. Le projet comportait une chapelle et un portique, mais par manque de fonds, il se résume en un mur en demi cercle et une chapelle octogonale.
Auparavant les dépouilles étaient enterrées dans les parvis ou à l'intérieur des églises. Quand les restes devenaient encombrants, ils étaient transférés jusqu'au xixe siècle dans les îles de la lagune (ossuaire de Sant'Ariano).
Le cimetière est partagé en plusieurs secteurs : cimetière catholique, cimetière orthodoxe, cimetière évangélique.
Le cimetière juif de Venise se trouve sur l'île du Lido.
En 1998, le cimetière fait l'objet d'un concours d'agrandissement, remporté par l'architecte David Chipperfield. Le projet consistait en l'ajout de cours intérieures, un ossuaire et d'un bâtiment de services, phases terminées en 2017. Une troisième phase comprend une extension de l'île avec des jardins et des monuments funéraires.