Le xve siècle
est un siècle noir. À plusieurs reprises, les moines doivent fuir pour se protéger des affrontements entre Liégeois et troupes des ducs de Bourgogne. L'abbaye subit à chaque fois des dégâts considérables. En 1492, l'abbaye est à ce point appauvrie que le pape Innocent VIII (1484-1492) ordonne aux abbés de Lobbes et de Cambron, ainsi qu'au doyen de Binche de mettre leurs ressources en commun pour procurer une subsistance convenable à la communauté et pour payer les dettes de l'abbaye. Demeurés fervents malgré leurs épreuves, les moines d'Aulne sont appelés - avec ceux de Clairvaux, de Villers et de Cambron - à réformer les monastères de moniales de Moulins à Anhée et du Jardinet à Walcourt, où la discipline monastique laisse à désirer 7.