En 1144, il existe à Aulne une petite communauté conduite par l'abbé Raoul qui tente d'imposer la règle des chanoines de saint Augustin. Ses efforts échouent et la même année, le prince-évêque de Liège Albéron annule le diplôme accordé aux religieux ayant opté pour la règle des chanoines de saint Augustin et offre Aulne à saint Bernardn 5. Le 3 décembre 1147, Dom Francon de Morville, qui sera le premier abbé cistercien d'Aulne, arrive à la tête d'une douzaine de moines. Les chanoines et les habitants du village leur opposent une résistance opiniâtre, mais doivent se résigner. En 1158, Henri II de Leez, prince-évêque de Liège (1145-1164) — Henri II de Leyen selon Émile Poumon2 — confirme la donation d'Albéron II de Chiny-Namur, car la population voisine persiste à harceler les "imposteurs" par une lutte procédurière qui va durer jusqu'en 1205, quand le prince-évêque Hugues de Pierrepont (1200-1229) met fin définitivement au procès, confirme les donations de 1147 et 1158 et éloigne du voisinage tous ceux qui perturbent la tranquillité du monastère5.

Les interventions du prince-évêque de Liège Hugues de Pierrepont (1200-1229) contribuent fortement à la prospérité matérielle et spirituelle de l'abbaye, dont les privilèges s'accroissent considérablement à cette époquen 6. En particulier, Hugues de Pierrepont soustrait l'abbaye d'Aulne de la mense épiscopale. Aulne devient l'une des abbayes les plus puissantes de la Principauté de Liège6.