En 1147, le monastère devient une abbaye cistercienne. Le prince-évêque de Liège Hugues de Pierrepont contribua fortement à la prospérité matérielle et spirituelle de l'abbaye, dont les privilèges s'accroissent considérablement au xiiie siècle. En particulier, il soustrait l'abbaye d'Aulne de la mense épiscopale. Aulne devient l'une des abbayes les plus puissantes de la principauté de Liège.Mais en 1794, les religieux d'Aulne fuient à l'annonce de l'arrivée des révolutionnaires français, qui pillent l'abbaye pendant plusieurs jours, la détruisent et l'incendient avec sa bibliothèque. Après le décès du dernier moine usufruitier, un hospice est créé dans les bâtiments de l'abbaye. Ce qui reste des autres bâtiments de l'abbaye est démantelé et revendu au détail. Les ruines et vestiges des bâtiments sont aujourd'hui classés au patrimoine majeur de Wallonie.