C'est l'une des très rares églises ayant conservé son jubé de pierre qui est une œuvre emblématique du gothique flamboyant tant par son exubérance décorative que par la hardiesse de sa conception16. Il est principalement réalisé en pierre de Tonnerre (calcaire oolithique à grain fin) par le maître-maçon Jean Gailde17 de 1508 à 1517 (lequel s'est fait enterrer sous le jubé en 1519). Les panneaux de la tribune sont ornés de feuillages et de choux frisés. Les trois petites scènes en haut relief encadrées dans des quadrilobes sur la tribune côté nef sont l'œuvre du maçon Nicolas Halins, dit le Flamand (1513)18 représentent le Christ prêchant, entre deux femmes et deux hommes faisant auditoire. Seule une prouesse stéréotomique et une armature intérieure expliquent l'arc suspendu au-dessus du chœur, découpé, en une seule volée, de trois arcades séparées par des clefs pendantes, celles des extrémités bloquées par de grosses masses sculptées où l'on peut lire les monogrammes IHS et AM (Ave Maria) et reconnaître des blasons chargés des instruments de la Passion19. Les blasons sur la face côté chœur (trois écus, celui du centre portant les initiales S M de sainte Madeleine, les deux autres les armes de France surmontées d'une couronne) sont sculptés par Simon Mauroy en 1515-1516. Au-dessus de la corniche de feuillages flamboyants se développe la balustrade à mouchettes et fleurs de lys couronnées, terminée par une main courante qu'agrémentent encore des tiges à feuilles épineuses.

Le monument a eu la ferveur populaire, car en plus des quêtes pour le financement de son élévation, les paroissiens ont donné la main pour la pose des pierres