A l'origine, les cellules d'isolement achevées en 1861 étaient des celliers construits par les moines.
Elles servaient à mettre à l'isolement les prisonnières qui n'avaient pas respecté le règlement. Elles y étaient enfermées seules pour une durée d'une journée à 15 jours selon la faute commise.
A partir de 1894, l'établissement pénitentiaire se transforme en colonie agricole pour garçons. Ces cellules vont à nouveau être utilisées.
En 1924, l'Etat va considérer ces établissements comme un échec national. Auberive sera le premier à fermer.