Au bord de l'Yonne
Ce complexe monastique, situé hors du castrum, fut fondé par la reine Clotilde au Ve siècle. Nécropole des évêques d'Auxerre, l'abbaye connut son heure de gloire au IXe siècle en abritant la prestigieuse école d'Auxerre qui fut un des centres de la Renaissance carolingienne.

Ce monument résume à lui seul seize siècles de l'histoire d'Auxerre. Bien que composite, il offre un ensemble architectural d'un grand intérêt.

Ses cryptes carolingiennes du IXe siècle, construites autour du tombeau de Saint-Germain (378 - 448) sont décorées de peintures murales remarquables de par leur conservation et de par leur ancienneté puisque ce sont les plus anciennes de France. Elles représentent notamment L'Extase et La lapidation de saint Étienne.

L'église abbatiale est de style gothique. Dans son avant-nef et la partie de sa nef démolies au XIXe siècle, on a retrouvé d'intéressants vestiges tels que des sarcophages datant du VIe au IXe siècle.

La salle du chapitre est du XIIe siècle, le cellier du XIVe siècle. Le cloître, de style classique, fut reconstruit au XVIIe siècle.

Le musée d'art et d'histoire, implanté dans l'abbaye, présente des témoignages sur le passé de la ville et de sa région, depuis la période préhistorique jusqu'à la fin du Moyen-Age.

Les deux pièces maîtresses de ses collections sont le Suaire de Saint-Germain, tissu byzantin exceptionnel datant de l'an mille et le Cheval de Guerchy.

La tour de Saint-Jean du XIIe siècle surplombe l'ensemble des bâtiments de son imposante flèche de pierre à huit pans convexes.

L'abbaye Saint-Germain accueille régulièrement des expositions temporaires.