Au Moyen Âge, le fief de Machy est un grand domaine agricole. En 1556, J. Senneton lègue à son épouse un ensemble de maisons dénommé le "castelet", qui serait situé sur l'emplacement du château actuel. La construction du château tel qu'actuellement débute au XVII siècle.
Le château est acquis en 1778 par Jean Antoine Morand de Jouffrey (1727-1794) pour son fils Antoine Morand de Jouffrey, alors âgé de 18 ans. Sa famille conserve le bien jusqu'au troisième quart du XX siècle, époque à laquelle le comte Pierre Morand de Jouffrey s'en sépare en 1978. l'Office culturel de Cluny acquiert le domaine.
Depuis 1996, le château accueille la Compagnie du Théâtre de l'Arc-en-Ciel