La principale et centrale, de dix mètres vingt de large, est constituée de quatre travées de cinq mètres soixante et dix. Le chœur, lui, a sept mètres quatre vingt dix de large. La voûte principale est en berceau et percée de lunettes dont les petites fenêtres laissent filtrer la lumière ; un effet irisant et doré est créé par les nouveaux vitraux posés par le service des Monuments historiques.

Le sanctuaire, à chevet plat, est occupé par le maître-autel en marbres polychromes du XVIIIe siècle. Il est surmonté d'une statue de St Michel-Archange foulant le Démon en bois peint et doré datant de 1820 et originellement statue de procession. Derrière l'autel au fond de l'abside est accrochée une tribune supportant un buffet d'orgue de style italien datant de l'instrument construit en 1666 grâce aux libéralités de la famille Pretti de Saint-Ambroise. De part et d'autre du maître-autel on trouve des stalles du XVIIIe siècle surmontées, du côté évangile par trois tableaux, au centre une Vierge Noire entourée de saints de 1639, et du côté épître par une retable à trois toiles dont le panneau central (le plus grand) provient de la deuxième église et représente saint Jean le Baptiste, saint Michel archange et saint Pierre en souverain pontife ; il a été restauré une première fois en 1565 par le peintre monégasque Antoine Manchello.